Ważniejsze nagrody i odznaczenia
1959 – Złoty Medal na Międzynarodowej Wystawie Sztuki Edytorskiej IBA, Lipsk (Niemcy)
1964/1966 – Deutschen Jugendliteraturpreis (Niemcy), nominacje w kat. Bilderbuch
1967 – Nagroda Ministra Kultury i Sztuki oraz Nagroda Krajowa za dokonania w dziedzinie ilustracji książkowej
1969 – Złoty Medal na Biennale Ilustracji w Bratysławie BIB (Słowacja)
1970, 1973 – Srebrne Koziołki na Biennale Sztuki dla Dziecka (Poznań)
1973 – Nagroda na Biennale Ilustracji w Bratysławie BIB i Medal Komisji Edukacji Narodowej za twórczość artystyczną dla dzieci
1974 – Nagroda Premiera za twórczość dla dzieci i Złoty Medal na Międzynarodowej Wystawie Książki w Moskwie (ZSRR)
1975 – Premio Europeo, Padwa (Włochy)
1977 – Złote Koziołki na Biennale Sztuki dla Dziecka (Poznań)
1980 – dyplom „Loisirs Jeunes” za najlepiej zilustrowaną książkę zagraniczną, Paryż (Francja) oraz Premio Grafico na Międzynarodowych Targach   Książki Dziecięcej, Bolonia (Włochy)
1984 – The Owl Prize, Tokio (Japonia)
1959, 1961, 1964, 1970, 1973, 1974 – Najpiękniejsza Książka Roku. Nagrody PTWK
1987 – Nagroda specjalna PTWK za całokształt twórczości
1991 – Grand Prix (Totem Album), Montreuil (Francja) oraz Premio Grafico na Międzynarodowych Targach Książki Dziecięcej, Bolonia, Włochy
1998 – Andersen Premio, Genewa (Szwajcaria)
2000 – Graine de Lecteurs 2000, Arles (Francja)
2002 – Medal – nagroda Polskiej Sekcji IBBY za całokształt twórczości
2005 – Nagroda Ministra Kultury
2006 – Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”
2007 – Nagroda TVP Kultura za wystawę „Arka Wilkonia” w Narodowej Galerii Sztuki Zachęta w Warszawie
2008 – Nagroda Honorowa – Książka Roku 2007 Polskiej Sekcji IBBY
2009 – Nominacja Internationale Jugendbibliothek do Nagrody Pamięci Astrid Lindgren
2010 – Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski
2010- Nagroda Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego
2010 – Nagroda Pegazika w kategorii Twórca Książki dla Dzieci
2010 – Nagroda PTWK za wybitne ilustracje do książki Rudyarda Kiplinga Księga Dżungli
2010 – Złote Berło, nagroda Fundacji Kultury Polskiej
2012 – Nagroda PTWK Najpiękniejsza Książka Roku 2011 za Psie życie
2013 – Brązowy medal za książkę Psie Życie w konkursie Best Designed Books from all over the World
2014 – Nagroda Pary Prezydenckiej dla Józefa Wilkonia za wybitne osiągnięcia w twórczość dla dzieci i młodzieży 2015 – honorowy obywatel Miasta i Gminy Piaseczno
2015 – Nagroda Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego
2016 – Nagroda Człowiek Roku według Magazynu Literackiego Książka
2017- Honorowa odznaka Królewskiego Górniczego Wolnego Miasta Wieliczka.
2017 – Nagroda ZAiKS za twórczość dla dzieci
2018 – Nominowany do Nagrody Pamięci Astrid Lindgren
2019 – Nagroda Perła Powiatu Wielickiego
2019- Krzyż Komandorski Orderu Izabeli Katolickiej nadany przez Króla Hiszpanii Filipa VI